
À la suite de la conquête de la ville de Niebla (actuelle Huelva) en 1262, le roi Alphonse X, dit « le Sage » (1221-1284), fit ériger un ermitage dans le village d’El Rocío. L’existence de cet édifice serait attestée par un ouvrage rédigé en 1340 par Alphonse XI (1321-1350), consacré à la pratique de la chasse à courre. Toutefois, cet ermitage ne réapparaît dans les sources qu’au XVIIe siècle, lorsque le légat Baltasar III (1629-1646) fit fonder une chapelle au sein de l’ermitage de Santa María de las Rocinas.
À partir de cette période, l’organisation du culte se structure progressivement : les célébrations religieuses sont régularisées, des travaux d’agrandissement de l’ermitage sont entrepris et un logement destiné au chapelain est ajouté. Gravement endommagé par le tremblement de terre de 1755, l’édifice fut finalement reconstruit sous la forme d’un nouveau sanctuaire.
La première pierre de l'ermitage actuel a été posée et bénie le 26 janvier 1964. Pendant la durée des travaux, la Vierge a été installée dans une petite chapelle construite pour elle, attenante à l'ermitage en construction. La Vierge fit sont entrée officielle dans son nouveau sanctuaire le 12 avril 1969.
Les travaux ont été dirigés par les architectes Antonio Delgado Roig et Antonio balbontin. C'est une basilique en forme de croix latine formée d'une nef de deux collatéraux et triforium. La nef principale est couverte par une voûte. A la croisée du transept, une coupole en forme de demi orange couvre le coeur. Une ouverture centrale laisse descendre la lumière.
La façade, d’une grande sobriété et d’une blancheur immaculée, est percée d’un porche couvert par une demi-coquille. Au-dessus de celui-ci, trois azulejos représentent, au centre, la Vierge, entourée de part et d’autre des apôtres recevant l’Esprit Saint. Surmontant le porche, un mur-clocher s’élève sur deux niveaux et abrite les cloches. L’ensemble est couronné par une grande croix en fer forgé, qui en souligne la verticalité et la dimension spirituelle.
En 1981, La Cruz de la Cerrajeria servit de modèle pour la réalisation de la décoration de l'entrée principale de l'ermitage du Rocio. Cette croix est la reproduction à une échelle plus grande de celle qui se trouve à Séville. L'oeuvre originale, créée par le maître ferronier Sebastian Conde s'est promenée dans différents endroits de Séville avant de trouver en 1921 un emplacement définitif plaza de Santa Cruz.
C'est elle qui servit également de modèle pour la réalisation de la Cruz de Guia de la hermandad de santa Cruz - Réalisation non plus en fer forgé mais en argent.

À l’intérieur du sanctuaire, le regard est attiré par le retable, dont le corps central figure l’Église céleste. La niche principale accueille la Très Sainte Vierge du Rocío, portant l’Enfant divin dans ses bras. Dans les niches latérales prennent place saint Jean et saint Jean-Baptiste, figures particulièrement proches de la Vierge et témoins privilégiés de sa relation avec l’Esprit Saint.
Conformément à la tradition iconographique, le côté gauche du retable, également appelé côté de l’épître, est consacré à l’Ancien Testament, tandis que le côté droit est dédié au Nouveau Testament. Dans cette composition, saint Jean-Baptiste, considéré comme le dernier et le plus grand des prophètes, occupe le côté de l’Ancienne Alliance, alors que saint Jean, patron de l’Église, est placé du côté de la Nouvelle Alliance.
Ces figures sont disposées sur des piédestaux, et des scènes sculptées, situées de part et d’autre, évoquent leur relation respective avec la Vierge Marie et l’Esprit Saint.
L’histoire du village du Rocío demeure relativement peu documentée ; il est néanmoins établi que très pe
son développement s’est effectué autour de l’ermitage qui en constitue le noyau originel.
Un document municipal intitulé « Chaumières du Rocío et ses habitants » mentionne qu’au cours du XIX? siècle, le site comptait trente-quatre constructions réalisées en matériaux naturels — tels que le pisé, les ajoncs, le genévrier et le pin — à l’exception notable de l’ermitage et de la résidence du chapelain.
Il apparaît que seule une douzaine de familles y résidaient de manière permanente. Leur subsistance reposait principalement sur une agriculture limitée pratiquée sur des terres en friche environnantes, ainsi que sur le pastoralisme, la chasse et la cueillette. L’année 1919 constitue une date charnière dans l’histoire du village, marquée par la célébration solennelle du couronnement de la Vierge. À cette occasion, la ville d’Almonte accorda des droits de construction, favorisant ainsi l’essor du site.
Depuis lors, le hameau s’est progressivement transformé en un bourg structuré, tout en devenant un important centre de pèlerinage.
Lors de ces rassemblements, plus d’un million de pèlerins — à pied, en charrettes ou en véhicules — se rendent au sanctuaire afin d’y manifester leur foi. Chaque dimanche, de la mi-septembre jusqu’à la Semaine sainte, les différentes Hermandades rocieras effectuent des pèlerinages pour rendre hommage à la « Blanca Paloma ». En dehors de ces périodes, le village retrouve son calme et redevient un lieu paisible situé aux abords du parc de Doñana.